養殖水紫外線殺菌消毒器采用紫外線消毒技術，利用紫外線C波段發出的253.7nm光波對水或空氣中細菌病毒的瞬時間照射，穿透微生物的細胞膜和細胞核，破壞核酸的分子鍵，使其失去復制能力或失去活性而死亡，從而達到快速殺滅水或空氣中的細菌病毒。
利用紫外線的強力輻射作用破壞水中細菌、病毒、水生藻類的細胞組織而將其殺滅。防止養殖魚類疫情產生或景觀水出現渾濁。同時紫外線能分解臭氧，是養殖或景觀水處理中*的設備。
在水產養殖和觀賞魚養殖領域，利用養殖水紫外線殺菌消毒器得到了廣泛應用。
在水產、水族養殖領域，通常會遇到兩個問題：水中水藻的繁殖和魚類疾病。大多數的水藻及引起魚類疾病的細菌病毒在強紫外線照射下數秒內即可死亡解體，所以這兩個問題都可以通過紫外線殺菌方法得到妥善解決。
經過紫外線殺菌凈化過的水池，99%的細菌病毒會被殺死，因此魚類會很少生病，進而提高養殖產量，對觀賞魚來說潔凈無菌的水會使魚體色彩鮮艷。
在太陽光或人工光源的照射下，水中藻類如藍綠藻會大量繁殖，藻類消耗水中氧氣養分，進而影響水族的正常生長，紫外線可以解決這個問題。讓養殖水反復循環通過一個裝有紫外線燈的封閉殺菌器中，水中藻類在強UVC紫外線輻射下會解體死亡，重組為大的分子鏈，終可以被過濾系統過濾。在這個反應過程中，水的流速和殺菌燈的功率選擇很重要，在夏天溫度高，藻類繁殖快速，水的流速不宜太快，紫外線燈功率要適當高一些，冬天反之。
除了水藻問題，在水產水族養殖業，魚類病也是經常要面對的問題。紫外線對殺滅引起魚類病的水中細菌有效，比如白斑病菌，在紫外線照射下三秒中可以殺死。有時候，池塘要新加進去一些魚，這些新魚很可能帶進魚塘新的病菌，或者魚塘要換水，新水中也有可能菌，這些情況都要由紫外線系統對水體殺菌。
