在反滲透/納濾系統系統,zui常見且zui嚴重的操作問題是生物污堵，特別是在使用地面水或有細菌污染的水源，控制微生物的活動尤為重要，適當的設計與操作預處理系統十分必要。取樣和分析過程的訓練應作為操作培訓的一部份，這樣任何微生物活性的增加，早期時即可處理。
如果RONF現場沒有分析微生物樣品的實驗設備，需找尋合適的實驗室來做分析工作。若不能在現場分析，樣品需先放 置在冰箱內，并應在取樣8小時內，進行分析。
【取樣點】
應提供合適的取樣點控制微生物，取樣點zui少需要的數目如下：
1)在加氯之前地表水取水點或井水出水口。
2)在澄清池、沉淀池、活性污泥接觸單元或類似沉淀工藝過程之后。
3)在砂濾、多介質過濾、活性炭或其他過濾單元之后。
4)除氯并位于保安過濾器之后。
5)濃水中。
6)產水中
取樣和分析的次數根據發生生物污堵的風險而定，對使用地表水的系統，上述提到的第4取樣點應每日檢查，其它各取 樣點則每周取樣和分析一次。
【采統檢查】
在啟動系統前或可能會出現任何與微生物活動有關的問題時，應作下列檢查：
一若中間使用敞開式的容器時，需在該敞開式的容器及其下游進行殺菌。
一若中間使用封閉式的容器時，其通氣或通風系統須有防止細菌的設備，如呼吸過濾器。
一需避免較長的盲管，當無法避免時，需定期消毒殺菌。
一避免設置象砂濾或保安過濾器這樣具有大面積的備用設備，若無法避免，需安裝排放系統，用于排放系統經殺菌之 后所殘留的殺菌劑和該備用設備投運前的沖洗排放。
一根據原水微生物負荷和系統特點，進行預處理的定期殺菌。
一建議用含足夠量氯的水反沖洗介質過濾器。一般而言，用于殺菌、沖洗和配置清洗溶液的水應不含微生物。
一組成前處理系統的管線、接頭、過濾器和貯罐應不透光，以免促進生物的生長。
一所有管線、水箱、接頭、貯罐、過濾設備及整個前處理系統在每次開機前、開機后以及RO/NF系統連續操作期間皆 需定期殺菌。除RO/NF部位外，可采取重點加氯法，此時，需保護RO/NF系統免遭氯的接觸，如使用盲板法蘭將 RO/NF部分與其他系統隔離，為此還應在靠近法蘭下方安裝排放裝置。
一在RO/NF系統現場需有足夠用于保存、清洗及殺菌的化學藥品。
