凈水機的反滲透技術具有特殊的功能得到了廣泛的應用。反滲透凈水機清洗的問題也許會使很多技術不到家的用蒙受經濟損失，如果做好反滲透凈水機的管理，就能避免發生更嚴重的問題。
在機器正常運行的情況下，反滲透膜也會被膠體、無機物垢、金屬氧化物、微生物等污染，污染物沉積于膜的表面上會造成凈水機反滲透裝置的脫鹽率下降、壓差升高、出力下降等等，甚至對反滲透膜造成不可逆的損壞，所以，要使反滲透凈水機有優良的除鹽性功能和透水性，則要定期對反滲透膜進行化學式清洗。
在一般情況下3～12個月需清潔一次（視當地水質狀況），要是清洗比較頻繁達到每月清洗一次，則要該改善水源的預處理系統，調整運行的參數。清洗頻率達到1-3個月一次，則應該提高反滲透設備運行的水平，應該考慮改進預處理系統。
反滲透設備要定期進行低壓力、低ｐＨ值、大流量的沖洗，這樣有利于清除附在反滲透膜表面的污漬，維持反滲透膜性能，當反滲透凈水機的進水SDI突然超過5.5以上的時候，應該行低壓沖洗，等到SDI值反回到標準值后再打開機器。
生產時間的波動，會使反滲透凈水機反復的運行停止，停用的時候有必要采取適當的保護措施，如果處理當將會導致反滲透膜性能的下降，這是不可恢復的。
較短時間的保存比較適合于停運15天以下的設備，需每1～3天用低壓沖洗的方式來保護反滲透凈水機。經過實踐，發現水溫在20度以上的時候，反滲透凈水機中的水存放3ｄ就會變質發臭，會產生細菌并且繁殖。所以，在水溫高于20度的時候，每天或隔一天用低壓沖洗清潔一次，當水溫低于20度的時候，每3天用低壓沖洗清潔一次，在每次沖洗完成后，要關閉反滲透凈水機上所有的進出口閥門。
停運15天以上的系統需要使用長期停用保護，必須用保護液（殺菌劑）灌進反滲透凈水機進行保護。常用的殺菌劑配方異噻唑啉酮20ｍｇ/Ｌ、（復合膜）為甲醛10（質量分數）、亞硫酸氫鈉1（質量分數）。
