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一種與眾不同的CRISPR核酸酶
點擊次數:258 發布時間:2017-11-10
CRISPR是一種出色的基因組編輯工具,深受研究人員的歡迎。其中,大家比較熟悉的是來自化膿鏈球菌的Cas9(SpCas9)。不過,這并不是*的選擇。一種新型核酸酶Cas13a(以前稱為C2c2)正逐漸走進人們的視野,它具有*的性質,進一步擴展了CRISPR工具箱。在此,我們將介紹一下Cas13a的*性質以及各種應用。 *之處 Cas13azui初是由Broad研究所的研究人員發現的。2015年,Shmakov及其同事利用Cas1作為“誘餌”,來鑒定細菌基因組中與CRISPR相關聯的蛋白。通過此次分析,他們鑒定出53個候選基因,總共分成三大類:C2c1、C2c2和C2c3。C2c1和C2c3與Cpf1有些類似,不過它們需要tracrRNA和crRNA才能切割DNA目標,而Cpf1僅需要crRNA。
再來看C2c2(也就是Cas13a)與Cas9的區別。zui大的區別在于Cas13a結合并切割RNA,而Cas9切割DNA。從結構上來看,Cas13a含有兩個HEPN結構域,而Cas9用HNH和RuvC結構域來切割DNA目標。HEPN結構域對Cas13a切割RNA目標是必需的。另外,與Cas9類似,Cas13a分子中關鍵殘基的突變可以形成核酸酶活性缺失的Cas13a(dCas13a),它能夠結合RNA目標但無法切割。
作用機制 大家都知道,Cas9利用tracrRNA和crRNA來實現與DNA目標的結合和切割。不過,Cas13a只需要24個堿基的crRNA,它通過富含*的莖環結構與Cas13a分子相互作用,并通過Cas13a的一系列構象變化來促進目標的切割。與Cas9一樣,Cas13a也能容忍crRNA與目標序列之間的單個錯配,不過若存在2個錯配,那切割效率就大大降低。它的PFS序列(相當于PAM序列)位于間隔區的3’端,由A、U 或C堿基組成。
Cas13a還有一個特別之處,那就是Cas13a一旦識別并切割由crRNA序列的RNA目標,它就轉入了一種酶促“激活”狀態,這時它將結合并切割其他的RNA,而不管它們是否與crRNA同源,或是否存在PFS。這一點與Cas9截然不同。對于細菌而言,這種性質是有意義的。若細菌被噬菌體感染,它能夠激活程序性細胞死亡或休眠狀態,以限制感染在整個群體中的傳播。 潛在應用 那么,Cas13a可以應用在哪些方面呢?對于初學者來說,Cas13a可用來結合和切割RNA目標,不過這方面的應用可能受限,因為一旦目標被破壞,Cas13a就會失去控制。因此,Cas13a的突變體研究有望成為新的熱點,使其特異切割RNA目標,但是隨后不會切割非特異的RNA。此外,人們可利用dCas13a來分離群體中的特定RNA序列,或利用熒光標記的dCas13a來研究活細胞中的RNA加工。
zui近,張鋒實驗室還發表了一篇文章,證明了Cas13a可以高特異性地檢測RNA單分子。他們開發出的SHERLOCK系統可檢測血清、尿液和唾液中低濃度的寨卡病毒,并確定病毒載量,區分不同病毒株。它還可以對人類DNA進行基因分型,并鑒定游離DNA中的腫瘤突變。未來,Cas13a有望繼續擴大CRISPR的應用范圍。