棉花是重要的經濟作物，也是紡織工業的主導原料，在世界及我國國民經濟中占重要地位。隨著植物基因組計劃的不斷發展，對作物進行分子設計和基因工程改良是21世紀植物科學領域中的重要課題。目前，國內外研究人員在棉花遺傳育種工作中取得了一定的進展。
五月二十四日，南京農業大學作物遺傳與種質創新國家重點實驗室、*雜交棉創制工程研究中心一項棉花遺傳育種研究成果，刊登在期刊《Genome Biology》，題為“Sequence-based ultra-dense genetic and physical maps reveal structural variations of allopolyploid cotton genomes"。在這項研究中，研究人員利用新一代測序和SNP基因分型方法，構建了四倍體棉花的高密度遺傳圖譜，并表征了四倍體棉花基因組的結構變異。延伸閱讀：期刊發布*小麥單體型圖譜。
本論文通訊作者張天真教授，現任南京農業大學農學院副院長，“作物遺傳與種質創新"國家重點實驗室主任。其1992年在南京農大獲遺傳育種專業博士學位，曾在德國、美國從事博士后研究和訪問學者，主要從事棉花基因組研究，曾獲2003年國家科技進步二等獎。擁有國家*4項。成功選育出南農系列轉基因抗蟲雜交棉和高優勢雜交種，并在長江流域1500萬畝棉區推廣，產生經濟效益30多億元。在植物育種雜志Euphytica、Plant Breeding、美國的Crop Science以及國內核心刊物上發表作物遺傳育種論文80多篇。
SNPs（單核苷酸多態性）是zui豐富的多態性類型，并已在許多作物基因組研究中進行過不斷的探索，包括水稻和玉米。由于其復雜性和多倍體，異源四倍體棉花基因組的SNP研究，已經落后于其他作物。在這項研究中，研究人員采用新一代測序和有效的SNP基因分型方法，檢測了多倍體棉花全基因組SNP，并用來構建連鎖圖譜和表征基因組的結構變化。
該研究小組構建了一幅高密度種間遺傳圖譜，包括4,999,048個SNP位點，不均勻地分布在26個異源四倍體棉花連鎖群中，覆蓋4,042 cM。研究小組通過對照組裝草圖序列和遺傳圖譜，在棉花基因組中確定了重組率和突變熱點。利用這一圖譜，研究人員通過將公共可用的雷蒙德氏棉（G. raimondii）基因組信息與熒光原位雜交分析相結合，確定了四倍體棉花的基因組重排和著絲粒區域。
總而言之，這項研究用測序后基因分型法，確定了陸地棉（G. hirsutum）和海島棉（G. barbadense）之間上百萬個SNPs。研究人員構建并利用一幅高密度SNP圖譜，來糾正序列錯誤組裝，將scaffolds合并成與染色體一致的pseudomolecules，檢測基因組重排，并確定了異源四倍體棉花中的著絲粒區域。
該研究發現，四倍體棉花的著絲粒逆轉錄因子序列，來源于D亞基因組祖先，可能在異源四倍體形成之后侵入了A亞基因組著絲粒。本研究對于棉花的遺傳研究和育種，提供了一份寶貴的基因組資源。