目前我國已建設有相當數量的醫院污水處理設施，對醫院污水的污染控制起到了積極的作用。但與發達國家醫院污水處理狀況及世界衛生組織的要求相比，我國醫院污水處理水平整體較低，尤其2003年初具有高度傳染性―SARS‖的爆發，對現有醫院污水處理的工藝技術、裝備和管理水平都提出了考驗，使現有醫院污水處理的不足表現得更為突出。
醫院污水，尤其是傳染病醫院、結核病醫院污水中，不同程度地含有多種病菌、病毒、寄生蟲卵和一些有毒有害物質。這些病菌、病毒和寄生蟲卵在環境中具有一定的抵抗力，有的在污水中存活時間較長，當人們食用或接觸被病菌、病毒、寄生蟲卵和有毒有害物質污染的水或蔬菜時，就會使人致病或引起傳染病的暴發流行。通過流行病學調查和細菌學檢驗證明，國內歷次大規模傳染病的暴發流行，都與飲用或接觸被污染的水有關。例如1987年上海市發生甲型肝炎大面積暴發流行，系由于帶有甲型肝炎病毒的糞船污染了毛蚶所致。近年來，世界上許多國家發生霍亂，暴發面積之廣，死亡人數之多，為有史以來所罕見，并且發病多半在不發達國家的沿海地區，據報導，均因飲用水受到病人排泄物污染所致。
病菌、病毒或寄生蟲卵能夠介水傳播的主要原因是污水中病原體的含量大，另一個是病原體對環境理化因素抵抗力強，在環境中的存活率比較高。如大腸桿菌在河水中能存活21-183天，痢疾桿菌能在河水中存活12-92天，霍亂弧菌在河水中能存活0.5-92天。病毒在對環境因素的抵抗力則更強，在污水中肝炎病毒能存活70天，脊髓灰質炎能存活3-4個月，鉤端螺旋體能存活30天。非典冠狀病毒則僅能在污水中存活3-4天。非典冠狀病毒對環境的耐受力雖然不比肝炎病毒、痢疾桿菌更強，但由于其發病急、傳播快、死亡率高，更加以找不出病源和傳播途徑、對應手段和治療方法，因此，曾在精神上給人們很大的困擾。
醫院廢水處理工藝主要有以下幾種：
（1）一級處理工藝
常規一級處理的目的主要是去除污水中的漂浮物和懸浮物(SS)，為后續處理創造條件。其主要設備和構筑物是:格柵、沉砂池、沉淀池等。格柵可去除污 水中較大的顆粒物質和漂浮固體物質。沉砂池可以去除0.2mm 以上的沙粒，沉 淀池可去除污水中大部分懸浮物。一般通過一級處理可去除 60%懸浮物和20% BOD5。
醫院污水一級處理和氯化消毒的典型工藝流程是：來自病區和其他含菌污水 通過排水管道匯集到污水處理站，對于糞便污水應先通過化糞池沉淀消化處理，然后進入污水處理站。處理站設有格柵、調節池、計量池、提升泵和接觸池。消毒劑通過與水泵聯動或與虹吸水混合后，進入接觸池，在接觸池內污水和消毒劑 經過一定時間的接觸后達到水質凈化和消毒要求之后排放。化糞池或沉淀池產生的沉淀污泥按規定進行定期消除和消毒處理，
（2）二級處理工藝
二級處理主要是指生物處理。生物處理可以去除污水中溶解的和呈膠體狀的有機污染物.其BOD的去除率在90%以上，出水的BOD可降至30mg/L以下，同時還可以去除 COD、酚、氰等有機污染物。常規的二級生物處理技術如活性污泥法不能去除水中的氮和磷。因此，國內外開發了生物脫氮除磷的改進二級處理技術或稱三級技術。它與二級處理往往結合使用，有時是對常規生物處理設施進行改造，使之具有脫氮除磷的功能。采用的技術有A/O法、A/O法、SBR法、AB 法、氧化溝和生物膜法等。
（3）傳統活性污泥法
傳統活性污泥系統多采用矩形廓道式曝氣池，污水和回流污泥從池首進入，混合液以活塞流的流態逐漸向池尾流動，從池末端出水堰流出，進入二沉池，在二沉池中完成泥水分離后處理水排放，沉淀污泥回流到曝氣池，進入下一個循環。
（4）吸附再生法
這種運行方式的主要特征是將活性污泥降解有機物的兩個過程—初期吸附和生物代謝分別在兩個構筑物或一個構筑物的兩段中進行。
（5）醫療污水處理SBR 法
每個CASS反應器由生物選擇區、缺氧區和好氧區三部分組成。三個區體積比大概為1:2:27。生物選擇區實際上是一個容積很小的污水和污泥接觸區?；钚晕勰嘤珊醚鯀^回流并在生物選擇區內與新鮮污水混合、接觸、創造微生物種群在高負荷下的競爭條件,選擇出優勢菌種,可有效抑制絲狀菌繁殖,提高系統穩定性,同時活性污泥的快速吸附作用加快了溶解性基質的去除,并對難降解有機物起到良好的水解作用,還能使污泥中的磷在厭氧條件下得到有效的釋放。
缺氧取區具有輔助生物選擇區對進水水質水量變化的緩沖作用,在該區主要是通過再生活性污泥的吸附作用去除有機物,去除率>80%,同時具有促進磷的進一步釋放和強化反硝化作用。好氧區是微生物分解所吸附有機物的主要場所,其運行周期包括充水---曝氣,充水---沉淀,上清夜潷除和充水---閑置4個階段,不同的運行階段及時間可根據所處理的污水水質進行調整。運行周期循環往復,反應中污水的有效容積是個變值。此法連續進水,序批運行方式如下:厭氧→缺氧→好氧→缺氧→厭氧。
