生物制藥廢水的處理方法可歸納為以下幾種：物理處理方法、化學處理方法、生物處理方法以及多種方法的組合處理等。
 

　　生物處理法已成為處理高濃度有機廢水的主要選擇，應用生物處理法顯著地降低了污水處理的運行費用，為生物制藥廢水處理技術開辟了經濟、有效的新途徑。生物處理技術一般包括：好氧處理法、厭氧處理法、光合細菌處理法等。好氧生物處理中由于生物制藥廢水屬于高濃度有機廢水，常規好氧工藝活性污泥法難以承受COD濃度10g/L以上的廢水，需對元廢水進行大量稀釋，因此，清水、動力消耗很大，導致處理成本很高，應用廠家實際廢水處理率也較低。與好氧處理相比，厭氧法在生物制藥廢水處理方面通常具有有機負荷高，污泥產率低，產生的生物污泥易于脫水，營養物需要量少，不需曝氣，能耗低，可以產生沼氣，回收能源，對水溫的事宜范圍廣，活性厭氧污泥保存時間長等優點，得到越來越多越來越廣發的應用。 經單獨的厭氧方法處理后的出水COD仍較高，難以實現出水達標，一般采用好氧處理以進一步去除剩余COD。
 

　　采用厭氧一好氧組合處理處理方法處理生物制藥廢水。單獨的好氧處理或厭氧處理往往不能滿足廢水處理要求，而厭氧一好氧處理方法及其與其他方法的組合處理工藝在改善廢水的可生化性、耐沖擊性，降低投資成本，提高處理效果等方面明顯優于單獨處理方法，使其成為制藥廢水的主要處理方法。