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花青染料通常表現出非常大的摩爾吸收率（約150000至300000M-1 cm-1）以及適度的量子產率，從而產生及其明亮的熒光信號。事實證明，花青在許多領域都非常有用，包括生物成像、細胞學、熒光技術和分析化學等，對于某些生物學應用，花青可以有利地替代其他常規染料，它們也可以應用在各種生物學。
常見的花青染料
花青染料中常使用的是發黃綠色熒光的Cy3(Ex:550nm,Em:570nm)和發紅色熒光的Cy5(Ex:650nm,Em:670nm)。由于它們具有少量光譜重疊，Cy3和Cy5通常組合為2色檢測。Cy3可通過各種熒光儀、成像儀器和具有TRITC標準濾波片的顯微鏡來檢測。由于Cy5消光系數高，它以成為遠紅色熒光染料的流行替代品。
圖為Cy3(左)、Cy5(中)、Cy7(右)的激發和發射光譜
表一.花青染料的光譜特性
花青染料 | 激發光線(nm) | Ex/Em(nm) | 濾波片組 | 消光系數 | 熒光量子產率 |
Cy3 | 532 | 554/568 | Cy3/TRITC | 150000 | 0.15 |
Cy5 | 633-647 | 650/669 | Cy5 | 250000 | 0.27 |
Cy7 | 730 | 754/778 | Cy7 | 250000 | 0.3 |
磺化與非磺化花青染料
磺化與非磺化花青染料具有非常相似的熒光特性，在許多應用中可以互換使用。它們之間的差異主要在于溶解度?；腔臑樗苄?，非磺化的則為脂溶性。
表2.磺化與非磺化花青的比較
Cy3 | Cy5 | Cy7 | ||||
形式 | 磺化 | 非磺化 | 磺化 | 非磺化 | 磺化 | 非磺化 |
Ex/Em(nm) | 554/568 | 650/669 | 754/778 | |||
濾波片組 | Cy3/TRITC | Cy5 | Cy7 | |||
消光系數 | 150000 | 140000 | 250000 | 230000 | 250000 | 250000 |
熒光量子產率 | 0.10 | 0.07 | 0.27 | 0.16 | 0.12 | 0.2 |
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