三級生物安全水平的動物設施適用于專門接種了危險度 3 級微生物的動物，或根據危險度評估結果來確定。
需要執行下列安全防護措施： 1、必須符合一級和二級生物安全水平動物設施的所有要求。
2、嚴格控制進入。
3、設施必須通過由雙門入口構成的緩沖間，以便與實驗室的其他部分及動物房隔開。
4、緩沖間內必須配備洗手設施。
5、緩沖間內必須配備淋浴設施。
6、必須采用機械通風，以確保連續的氣流通過每個房間。室內空氣排出到室外前，必須經HEPA 過濾，不得循環使用。系統的設計必須可以防止意外逆流及動物室內出現正壓。
7、在存在生物學危害的動物室內，必須在方便的位置安裝高壓滅菌器。感染性廢棄物在移至設施的其他區域前需高壓滅菌。
8、現場應當就近備有焚燒爐，或由主管部門另作安排。
9、感染危險度 3 級微生物的動物的飼養籠具，必須置于隔離器或在籠具后裝有通風系統排風口的房間中。
10、墊料應盡量無塵。
11、所有的在洗燙前必須先清除污染。
12、窗戶必須關閉、封嚴、抗破損。
13、工作人員應進行適當的免疫接種。
