用于發酵過程作為活細胞催化劑的微生物，包括細菌、放線菌、酵母菌和霉菌四大類。來源于自然界大量的微生物，從中經分離并篩選出有用菌種，再加以改良，貯存待用于生產。

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檢測范圍

　　細菌、放線菌、酵母菌、霉菌、正規絲狀真菌、乳桿菌、雙歧桿菌、腸球菌等;食用菌種、礦石菌種、益生菌菌種、香菇菌種、平菇菌種、木耳菌種、污水菌種、工業菌種等

　　食用菌在生產中根據菌種的來源,繁殖代數及生產目的,把菌種分為:

　　母種：將純菌絲體或孢子在試管培養基中繁殖而成.可以繁殖原種,也適宜菌種保藏;

　　原種：母種菌絲在固體培養基上繁殖而成.這一過程增強菌絲對培養環境的適應性,又起到擴繁的作用.原種可以直接出菇;

　　栽培種 ：由原種擴繁而成.主要是為了擴繁,為生產提供足夠的菌種；

部分檢測標準

　　1GB 19169-2003黑木耳菌種

　　2GB 19170-2003香菇菌種

　　3GB 19171-2003雙孢蘑菇菌種

　　4GB 19172-2003平菇菌種

　　5GB/T 23599-2009草菇菌種

　　6GB/T 29368-2012銀耳菌種生產技術規范

　　7GB/T 29888-2013分枝桿菌菌種基因芯片檢測基本要求

　　8GB/T 35880-2018銀耳菌種質量檢驗規程